Die eerste NG-lidmate het reeds in die tagtiger-jare van die 19de eeu in die gebied wat toe bekend gestaan het as Groot Namakwaland ingekom. In die jare 1888 tot 1893 is hierdie lidmate kerklik vanuit die Kaap versorg.
Toe Upington in 1893 ‘n gemeente kry, word Groot Namakwaland ‘n wyk van die gemeente.
Op 6 Augustus 1898 word die eerste gemeente van die NG Kerk in Duitsch Zuidwes‑Afrika (soos Namibië toe bekend gestaan het) gestig toe die Groot Namakwaland‑wyk as selfstandige gemeente afstig. Die nuwe gemeente het twee wyke gehad: een vir Warmbad-gebied en een vir die Gibeon-gebied.
Teen die draai van die 19de eeu was meer as 50% van die wit bevolking in die Gibeon-gebied NG lidmate. Dit het daartoe gelei dat die hoof kerkplek op 13 November 1902 van Warmbad na Gibeon verskuif het. Terselfdertyd het die naam van die gemeente ook verander na Gibeon.
Die tweede gemeente in die land is ook in November 1902 gestig. Dit was die gemeente Moria in die Grootfontein-omgewing.
Van hierdie klein begin het die NG Kerk Namibië gegroei tot die huidige 44 gemeentes met nagenoeg 22800 doop- en belydende lidmate en net minder as 60 predikante. In 1957 het die selfstandige sinode van (destyds) Suidwes-Afrika tot stand gekom – vandag Sinode van Namibië.
Vanweë historiese en praktiese redes, ressorteer die gemeente Katima Mulilo in die Zambezi-streek onder die Noordelike Sinode van Suid-Afrika.
Die Namibiese Sinode was ‘n stigterslid van die Algemene Sinode van die NG Kerk in 1962.
In 1995 het die NGKN ‘n waarnemer-lid van die Namibiese Raad van Kerke (CCN) geword. Dit is in Maart 2000 opgevolg met volle lidmaatskap.
Ons roeping is om: Uit die opstandingskrag van Jesus Christus kerk te wees ter wille van die koms van die Koninkryk deur:
in afhanklikheid aan die Verbondsgod alleen gehoorsaam te wees; sorgsaam naby alle susters en broers in die geloof te leef; Namibië en Afrika se mense in liefde met Woord en daad te dien.